Ganondorf, ayant gagné la bataille en rassemblant la Triforce, invoque de plus en plus de monstres, puis disparaît. Afin de l'affaiblir, le mieux à faire est de s'attaquer à ses compagnons : Girahim et Xanto. Ceux-ci ont établi leur base dans le désert Gerudo. Le groupe se prépare à les affronter.
Comme vous pouvez le voir, vous reviendrez pour cette étape : une fois avec Zelda pour la deuxième Skulltula, une fois avec Link pour un Réceptacle de coeur, et une fois avec Lana pour un Fragment de coeur. Pour Link et Zelda, cela se passera bien puisqu'ils ont des armes de type lumière. Pour Lana, vous devez bien la contrôler car elle n'a pas d'élément idéal et cela prendra donc plus de temps pour faire les différentes missions.
Faites toujours attention à votre base alliée, ainsi qu'à vos partenaires. Dès que la partie est lancée, dirigez-vous vers le fort central pour rencontrer Girahim. Préparez votre arc car des babas mojos vous y attendent. Attaquez Girahim jusqu'à ce qu'il prenne la fuite. Vous devez le suivre jusque dans le fort au nord du fort central. Là-bas, il recommence à vous attaquer. Achevez-le. Si vous n'y arrivez pas, il reprend la fuite.
Vous êtes séparé de vos alliés. Lana (ou Link) perd le moral, et vous devez la/le rejoindre le plus vite possible. Pour cela, passez par l'est pour convertir le fort de la falaise. Débarrassez-vous du moblin blindé pour ouvrir la porte ouest. Xanto est au nord du fort central. Rejoignez-le pour l'éliminer. Il se téléporte au sud du fort central. Continuez sur votre lancée. Vous devez faire vite car si Lana (ou Link) fuit, c'est fini. Xanto prend la fuite et vous pouvez rejoindre Lana (ou Link) au nord-ouest.
Lana arrive à faire venir des renforts et pas n'importe lesquels ! Il s'agit de Darunia, Fay et Midona. Éliminez tous les gros monstres vous entourant (moblins blindés et âmes). Prenez le contrôle du fort au nord de votre position. L'armée ennemie lance une attaque sur la base alliée. Au fur et à mesure vous apprenez que vous avez affronté des faux Girahim et Xanto. Avant de chercher les vrais, débarrassez-vous des monstres qui se dirigent vers la base alliée.
Passez par le fort sud-est afin d'en prendre le contrôle. Remontez jusqu'à la Tour de Jugement (fort nord-est), toujours en prenant le contrôle des forts et postes à disposition. En arrivant à la Tour de Jugement vous trouvez Girahim et Xanto qui vous attendent bien sagement. Vous les affrontez en même temps, donc n'hésitez pas à utiliser votre magie pour éliminer l'un afin d'être tranquille pour combattre l'autre. Vous gagnez la partie une fois ces deux-là KO.
Il ne reste plus qu'à s'occuper du grand patron : Ganondorf. Celui-ci se trouve au château d'Hyrule et il a refait la déco...