Pour cette partie, l'élément efficace est la foudre, donc Lana et son grimoire sont très utiles. Si vous prenez Midona, une autre Midona reste à la base alliée pour la protéger. Celle-ci ne doit pas fuir sinon c'est la fin de la partie. Machaon est toujours à vos côtés. Pour la gagner, vous devez jouer dans le mode aventure. Votre principal ennemi est Xanto. Éliminez-le pour gagner la partie.
Avant de commencer la première mission, prenez le contrôle du fort sud-ouest afin d'occuper toute la partie sud de la carte. Après, avancez vers l'est afin de prendre le contrôle des deux entrées de l'aile est du palais. Machaon vous accompagne. Interceptez aussi l'armée de Xanto qui se dirige vers la base alliée. Dès que cela est fait, reprenez votre mission en convertissant l'entrée de l'aile est (premier fort de la mission). Récupérez l'arme scellée qui est dans le coffre. Continuez vers le nord pour convertir l'autre entrée (tout en éliminant les monstres se présentant devant vous). Par la suite, Xanto détruit les ponts, vous empêchant de retourner sur vos pas. Une arme vous aidera pour la suite. Occupez-vous de l'autre fort, en éliminant le gibdo ardent en premier. Mission accomplie !
Vous obtenez le grappin ! Rebroussez chemin pour l'utiliser sur la cible près du pont détruit. Le Pyrodactilus de Twilight Princess apparaît. Inutile de vous acharner à essayer de le viser et de l'attraper avec le grappin, cela ne marchera pas. Dirigez-vous vers le fort tout à l'ouest. Le Pyrodactilus prend le contrôle de la place de l'ouest et commence à bombarder la base alliée. Midona propose d'utiliser sa magie contre lui. Reprenez le contrôle du fort et attendez Midona pour activer le cercle magique. Pendant ce temps, l'armée reçoit des renforts, faites attention ! La magie de Midona permet d'enchaîner le pyrodactilus. Celui-ci se libère et quitte le champ de bataille provisoirement.
Xanto envoie un kidnappeur pour capturer la commandante ennemie en première ligne, c'est-à-dire Machaon. Dépêchez-vous de la rejoindre et éliminez le kidnappeur. Entre temps, les portes du nord du palais s'ouvrent, vous donnant accès à un nouveau chemin. Un autre kidnappeur s'approche de Machaon. Dirigez-vous vers le nord puis à l'ouest pour l'intercepter et l'éliminer.
Le pyrodactilus rejoint le champ de bataille. Il se trouve sur la place centrale. Allez-y vous aussi. Il se dirige vers la place du palais et la convertit. Récupérez ce fort. Midona vous rejoint pour utiliser de nouveau sa magie. Activez le cercle magique pour le faire de nouveau fuir. Allez-vous occuper de quelques postes pour le faire revenir. La papillon de Machaon vous guide vers un endroit spécifique. Il s'agit d'une fontaine de fées. Elle se trouve au nord-est de la base alliée. Allez-y et activez le cercle magique. La grande Fée invoque la lune de Majora's Mask, ce qui permet d'affronter le pyrodactilus.
BOSS : PYRODACTILUS
Comme dans Twilight Princess, vous allez utiliser le grappin pour le battre. Attendez que sa queue devienne bleue pour le clouer au sol avec le grappin, puis l'attaquer. Les bons moments sont quand il invoque un mini cyclone avec ses ailes, ou quand il crache du feu. Répétez l'opération trois ou quatre fois pour vous en débarrasser définitivement.
Une fois battu, occupez-vous des ennemis puissants vous entourant. Xanto ouvre les portes de la base ennemie et se joint à la bataille. Vous pouvez choisir de l'affronter maintenant, ou vous occupez des forts restants pour récupérer quelques trésors. Faites juste attention à votre base alliée et à vos alliées. Dès qu'il est battu, une cinématique commence...
- CINÉMATIQUE -
Vous voyez Lana et Midona refermer la porte des âmes. Soudainement Cya intervient par derrière. Midona dit que c'est à cause d'elle qu'elle est comme ça. Cya la provoque, recevant ainsi un très bon coup de la part de Midona. Celle-ci lui retire son masque et vous pouvez voir une énorme ressemblance entre elle et Lana. Celle-ci avoue à Midona qu'elle est l'autre moitié de Cya, la partie représentant la lumière.
- FIN DE LA CINÉMATIQUE -
Il ne vous reste que la partie avec Link. L'élément efficace dans Celesbourg est la lumière (et ça tombe bien !). Passez au marché faire le point du côté des badges de Link. Améliorez sa défense car les prochains mondes ne seront pas si simples.