Alors que Link et les autres ont battu Xanto, Girahim et Iscerro, Ganondorf lance une attaque sur Cya afin de récupérer la Triforce de la Force. Pour l'en empêcher Cya va puiser dans ses dernières forces.
Vous commencez devant l'entrée des ruines. Avancez pour prendre le poste et défaire les Aeralfos. Votre première mission apparaît : battre les deux Gohma. Volga avance vers le châtelet est, donc dirigez-vous vers le Gohma situé à l'ouest. Vous devez aussi protéger les deux châtelets, alors débarrassez-vous du premier Gohma. Si vous avez le temps, occupez-vous aussi de l'Aeralfos l'accompagnant. Pendant que vous affrontez le deuxième Gohma, Ganondorf invoque Manhandla qui bombarde la base alliée. Terminez avec le Gohma au plus vite. Iscerro s'occupe de Manhandla provisoirement.
Alors que vous accomplissez le première mission et que vous allez attaquer la base ennemie, Iscerro vous trahit en voyant la puissance de Ganondorf. Il invoque plusieurs monstres dont des âmes de glace. De votre côté, Cya invoque des Link noirs. Volga bat en retraite et prépare une attaque contre Ganondorf. Allez combattre Iscerro.
Dès que vous avez battu Iscerro, Volga réapparaît dans la base ennemie, prêt à se battre contre Ganondorf. Celui-ci invoque une sphère des ténèbres dans la base ennemie, ce qui vous empêche de rentrer dedans (pour l'instant). En attendant, allez vous occuper des âmes de glace qui se rapprochent de la base alliée. Face à cette puissance, Volga bat encore en retraite. Ganondorf lance une attaque sur les ruines. Protégez-les. Volga revient mais refuse d'obéir à Cya et repart affronter Ganondorf.
Alors que la situation devient délicate, Lana apparaît dans la fontaine de la Déesse, prête à vous aider. Celle-ci a la capacité de briser la sphère de Ganondorf. Terminez avec les monstres dangereux car l'armée de Ganondorf se dirige vers Lana, et elle ne doit pas fuir. Vous devez l'accompagner jusqu'au fort ennemi au plus vite car le pouvoir de Ganondorf grandit peu à peu. Vous passez par le chemin ouest. Prenez le contrôle des forts sur votre route et éliminez tous les gros monstres vous approchant.
Dès qu'elle a atteint la base ennemie, Lana détruit la sphère grâce à sa magie. Attaquez Ganondorf. Une fois battu, il bat en retraite. Cya demande à Lana de partir aussi. Lana essaie de la raisonner sur l'utilisation trop importante de sa magie mais cela ne marche pas. La suite, vous la connaissez...