Après avoir récupéré tous les morceaux de la Triforce et avoir ouvert la porte des âmes, Cya ressent une grande puissance dans un des mondes apparus : la cité du Crépuscule. Elle y va afin de découvrir si cette personne peut être un allié ou un ennemi.
Vous êtes confronté à deux armées : celle de Midona et celle de Xanto. (Visiblement ces deux-là se font encore la guerre...). Vous devez choisir entre éliminer Xanto ou éliminer Midona. Le choix le plus logique est celui d'éliminer Midona, mais vous n'y êtes pas obligé. Iscerro vous conseille d'aider Xanto car Cya pourra peut-être le manipuler plus tard. L'armée de la sorcière attaque l'armée de Midona.
Avant de partir à la conquête des forts, éliminez tous les monstres s'approchant de votre base alliée, même s'ils appartiennent à l'armée de Xanto. Interceptez ceux au nord de la base alliée. Retournez devant l'entrée du palais pour en intercepter d'autres. Enfin, occupez-vous du gibdo ardent situé au sud-est de la carte. Prenez le contrôle du fort sud-est (appartenant à Xanto) afin d'occuper toute la partie sud de la carte.
Repartez au nord de la base alliée car Midona a encore envoyé des monstres. Retournez aussi devant l'entrée du palais pour combattre d'autres Darknuts.
Rentrez dans le palais du Crépuscule et contournez le fort principal de Midona par l'ouest et attaquez-vous à son autre fort. Prenez-en le contrôle afin d'ouvrir les portes du nord du palais.
Allez à l'est puis au sud pour rentrer dans le fort où se trouve Midona. Pendant le combat, l'armée cachée de Midona fait son apparition dans les deux forts qui étaient inoccupés.
Une fois KO, Midona prend la fuite et le moral de son armée baisse. Suite à cela, le moral de l'armée de Xanto augmente. Pendant que Cya parle avec Xanto, prenez le contrôle du fort où vous êtes. Xanto, après avoir parlementé avec Cya, souhaite être le seul roi du monde. Vous allez devoir l'éliminer aussi.
Reprenez le chemin par où vous êtes passé et prenez le contrôle des deux derniers forts de Midona. Tout va s'enchaîner ! Xanto invoque le pyrodactilus et tente de s'enfuir via le cercle magique de la grande fée, et Machaon débarque dans un des forts de Midona. Comment elle est arrivée là ? Mystère... Dépêchez-vous de vous en débarrasser afin d'intercepter Xanto. Si vous jouez à deux, l'un peut s'occuper Xanto pendant que l'autre s'occupe du pyrodactilus.
Utilisez tout ce que vous avez contre Xanto (coup fatal et magie) car si vous êtes seul, il va falloir être rapide.
Cya négocie avec Xanto : celui-ci peut garder le palais du Crépuscule à condition qu'il lui obéisse.