"Dans Ocarina Of Time, lorsque Ganondorf entre dans le Saint Royaume grâce à Link, les trois fragments sont immédiatement répartis ? "
Oui pour moi ils sont immédiatement répartis : Ganondorf le sait puisqu'on dit qu'il n'a de cesse pendant ces 7 années de chercher les 2 autres fragments qui lui manquent. C'est logique qu'il le sache puisque c'est lui qui était au St Royaume et a donc vu la Triforce se briser sous ses yeux. En revanche les 2 autres porteurs n'en ont pas conscience : ils ne le réalisent qu'à la fin du jeu lorsqu'ils sont tous les 3 réunis avec Ganondorf et que les signes de la Triforce apparaissent sur leurs mains... Ce qui réjouit Ganondorf car il a ainsi les 2 autres fragments "à portée de main"...
"quand Link a vaincu Ganon et qu'il est renvoyé à son époque, une cinématique montre Link enfant rejoindre Zelda dans le jardin du château. À ce moment précis, Zelda n'est pas censé avoir fui avec Impa au lieu de se trouver dans le jardin ? Ou bien Zelda renvoie Link avant que Zelda enfant n'ait fui ?"
Et oui Zelda adulte renvoie Link avant que Zelda enfant n'ait fui, ce qui cause en effet une incohérence par rapport aux fragments de la Triforce, mais il en est ainsi d'après la chronologie officielle :
En effet d'après les jeux et la chronologie d'Hyrule Historia, à la fin d'OOT, Link est donc renvoyé 7 ans dans le passé et redevient enfant, et retrouve Zelda enfant, alors qu'Hyrule est encore en paix, même si les sombres desseins de Ganondorf sont imminents.
La première chose que fait Link, qui a en mémoire toute l'épopée d'OOT qu'il vient d'accomplir en tant qu'adulte, c'est de dénoncer Ganondorf à la Princesse et au roi d'Hyrule, leur prédisant les sombres desseins de Ganondorf pour l'avenir.
Passons sur le fait que pour le roi d'Hyrule il n'y a aucune preuve contre Ganondorf si ce n'est le témoignage d'un enfant qui dit qu'il arrive du futur...
Bref, pendant que dans l'intervalle, après avoir dénoncé Ganondorf Link est parti à Termina et vit les aventures de Majora's Mask, Ganondorf est jugé et condamné à être exécuté par les Sages... (comment les Sages se sont-il éveillés à leur conscience de sage? aucune idée...

)
Mais c'est là qu'en effet, il est indiqué que Ganondorf porte en lui le fragment de la Triforce de la Force et de ce fait les Sages n'arrivent pas à l'exécuter, Ganondorf tue même l'un d'entre eux (Nabooru apparemment

)....
Alors pourquoi porte-il le fragment de la Force alors que dans cette dimension, il n'a pas eu le temps de pénétrer dans le St Royaume et que donc la Triforce est censée y demeurer entière??
Et bien l'explication un peu bancale, c'est que lorsque Link a été renvoyé dans le passé, il portait toujours en lui le fragment du Courage qu'il avait obtenu à la fin d'OOT. Et du coup on peut imaginer que les fragments de la force et de la sagesse, pour respecter un certain équilibre, aient de ce fait rejoint automatiquement leurs porteurs "naturels"...
C'est donc pour cela que dans Twilight Princess, qui se déroule des siècles plus tard, le nouveau Link, la nouvelle Zelda, et Ganondorf (qui est le même) portent toujours chacun leur fragment...
En ce qui concerne la fin TWW je ne connais pas assez le jeu pour me prononcer...